Embriyo dondurma aşaması, önce yumurtalıkların ilaçlarla uyarılması ve ardından yumurta toplama basamaklarıyla devam eder. Yumurta toplama işlemi sonrasında, yumurtalar laboratuvar ortamında sperm ile döllenir. Oluşan embriyolar önce döllenme, ardından bölünme ve son aşamada mümkünse blastokist oluşum aşamasına kadar laboratuvarda özel hazırlanmış koşullarda takip edilir.
Bu koşullarda canlılığı devam eden ve tanımlanmış kriterlere göre iyi kalitedeki embriyolardan bir ya da en fazla iki tanesi transfer işlemi geriye kalan embriyolar, yumurtalık uyarım sırasında aşırı uyarılma sendromu açısından risk altındaki hastalar, genetik test amacıyla biyopsi yapılacak embriyolar, yumurtalıkların uyarılması sırasında hormonal düzensizliklerin belirlendiği hastalar, rahim ya da tüplere ait cerrahi gereksinimi olan hastalar ve onkolojik hastalarda tedavi tamamlanıncaya kadar embriyolar dondurularak içerisinde sıvı azot bulunan özel tanklarda -196 derecede saklanır. Transfer yapılacağı zaman, önce rahim duvarı yeterince olgunlaşıp transfere hazır hale geldikten sonra, embriyolar bulundukları yerden çıkartılarak önce çözülür ve ardından rahim içerisine transfer edilir.